Derzeit befindet sich im Untergschoss der Buchhandlung Walthari der Uni-Shop Freiburg und eine große Abteilung mit Modernem Antiquariat und Restauflagen. Künftig sollen die Uni-Shop-Artikel laut Walthari "in gewohnt umfangreicher Präsentation" weitergeführt werden, das ganze Untergeschoss (etwa 85 Quadratmeter) aber vom Zweitausendeins Shop-in-Shop gestaltet. Man habe schon länger überlegt, so der Walthari-Leiter Jürgen Kautz gegenüber boersenblatt.net, das Sortiment zu erweitern und Zweitausendeins mit an Bord zu holen. Die Marke habe einen ganz anderen Stellenwert im Modernen Antiquariat und bei Restauflagen. Nur einen kleineren Teil der Titel aus dem Modernen Antiquariat will Walthari weiterhin selbst besorgen, so Kautz. Die Buchhandlung Walthari verfügt insgesamt über eine Fläche von rund 340 Quadratmetern.
Seit 2012 versuchte Zweitausendeins im Zuge einer Umstrukturierung Franchisenehmer für seine damals 14 Filialen zu finden, andernfalls wollte man diese bis 2016 schließen. Ein Franchisepartner fand sich bislang nur in Frankfurt am Main. Für die Freiburger Filiale konnte, wie auf boersenblatt.net berichtet, im vergangenen Jahr kein Franchisenehmer gewonnen werden − zudem lief der Mietvertrag Ende Februar 2013 aus. Im Mai 2014 führt Zweitausendeins noch fünf Filialen in Eigenregie: Berlin (2x), Düsseldorf, Hannover und Mannheim.
Hinzu kommen die Shop-in-Shops mit Kooperationspartnern, die laut Unternehmen nicht von den Franchiseplänen betroffen sind. Mit dem neuen Shop-in-Shop in Freiburg wären es 16, inklusive dem Franchise in Frankfurt am Main.
