Über Jahrhunderte hinweg beanspruchte die katholische Kirche die Deutungsmacht über die Ordnung der Welt. Sie ließ neues Gedankengut, neue wissenschaftliche Erkenntnisse zu oder ächtete sie. Sie entschied über Richtig und Falsch, erlaubte Fortschritt oder versuchte, ihn zu verhindern. Reformatoren und Naturwissenschaftler stellten dieses Erklärungsmonopol in Frage – und damit auch die Institution Kirche. Gutenbergs Druckerpresse ermöglichte es immer mehr Freidenkern, ihre Gegenwelten mit Hilfe des gedruckten Buches in tausendfacher Auflage zu verbreiten und neue Erklärungen der Welt zu wagen, die oft gefährlich im Widerspruch zu den päpstlichen standen.
Seit Mitte des 16. Jahrhunderts gab es den Index, die Liste der verbotenen Bücher (Index Librorum Prohibitorum), auf den der Vatikan "gefährliche Werke" setzte. Als Reaktion auf die Reformation folgte 1571 die Gründung der Indexkongregation. Sie überprüfte bis ins 20. Jahrhundert hinein Bücher auf "ketzerisches Gedankengut" und sprach auch Buchverbote aus. Die Öffnung der geheimen Archive der Inquisition und Indexkongregation im Jahr 1998 ermöglichte erstmals den Zugang zu bisher unbekannten Schauplätzen und unveröffentlichten Akten.
Der Journalist Wolf von Lojewski und der Kirchenhistoriker Hubert Wolf stellen die Frage nach der Rolle von Zensur – damals und heute. Teil 1 der Dokumentation schildert die Fälle Luther, Galileo und Darwin. In Teil 2 geht es um die Rolle der Zensur nach der Aufklärung. Labyrinthe von Aktengängen erwarten sie in den Archiven des Vatikan, unzugängliche Dokumente, die seit Jahrhunderten nicht mehr von Menschenhand berührt wurden.
Den ersten Teil der Dokumentation "Index – Die schwarze Liste des Vatikan" von Cristina Trebbi und Christel Fomm sendet das ZDF am 7. April von 22.45 bis 23.30 Uhr, den zweiten am 8. April von 22.15 bis 23 Uhr.