Wolfgang Mertz kam 1965 in den S. Fischer Verlag, blieb ein ganzes Jahrzehnt bis 1975 – um dann 1982 erneut in den Verlag einzutreten. Seine Hauptverantwortung lag in der Leitung des Bereichs Rechte und Lizenzen. 1995 schied er, das Pensionsalter erreichend, als Geschäftsführer aus. Wolfgang Mertz galt als ein kenntnisreicher, umfassend gebildeter Verlagsmann mit besten Kontakten zu den großen Fischer-Autoren wie Hilde Domin, Carl Zuckmayer und Golo Mann, dessen Lektor er war. Wesentliche Impulse für das Zustandekommen der Großen Kommentierten Frankfurter Ausgabe der Werke Thomas Manns gingen von ihm aus.
Er engagierte sich auch im Verlegerausschuss und in der Abgeordnetenversammlung des Börsenvereins und war von 1977 bis 1989 einer der Juroren des vom Börsenblatt ausgeschriebenen Alfred-Kerr-Preises für Literaturkritik.