In den Folgejahren expandierte der Auer Verlag weiter und erwarb u.a. 1999 den Persen Verlag. 2006 zogen sich Ludwig Auer sowie die Pädagogische Stiftung Cassianeum als Gesellschafter zurück und Klett erwarb 100 Prozent der Anteile.
Eine strategische Neuausrichtung erfolgte 2010 als das Segment Auer Schulbuch von der Ernst Klett GmbH übernommen wurde und der Bereich Auer Unterrichtshilfen zusammen mit den Verlagen AOL und Persen zur AAP Lehrerfachverlag GmbH verschmolzen wurde.
Heute bildet der Auer Verlag gemeinsam mit dem AOL-Verlag und dem Persen Verlag die AAP Lehrerfachverlage GmbH, die einer der führenden Anbieter für Lehrerfachliteratur und Unterrichtshilfen im deutschsprachigen Europa ist.
